1)kejuruteraan genetik mungkin boleh mengubah kandungan nutrien makanan dengan cara yang tidak dijangkakan. Misalnya mengurangkan kandungan sesetengah nutrien dan meningkatkan kandungan nutrien yang lain.
2)Kerintangan terhadap antibiotik mungkin boleh berlaku kerana gen yang digunakan dalam sesetengah tanaman yang diubahsuai mungkin boleh memindahkan penyakit yang disebabkan oleh mikrob, ke dalam usus manusia atau haiwan yang menggunakan makanan kejuruteraan ginetik.
3)menyumbang kepada masalah perkembangan kesihatan umum kerana rintangan terhadap antibiotik ini akan akhirnya terpindah kepada manusia melalui pengambilan makanan yang terhasil melalui kaedah kejuruteraan ginetik.
4)kejuruteraan ginetik telah menunjukkan tahap kerintangan yang tinggi dan luarbiasa terhadap racun pemusnah tumbuhan seperti racun Herbisid, Pesticid dan lain-lain lagi.Keadaan ini sekaligus akan memerlukan kita mencipta racun yang lebih kuat untuk mengawalnya dan secara tidak langsung akan membahayakan alam sekitar kita.