Jika ada kebaikan tentu ada keburukan dalam penggunaan teknologi pertanian,:
1) terdapat dikatakan bahawa kebaikan teknologi pertanian adalah tanpa pencemaran, tetapi itu hanya tertakluk kepada penanaman hidroponik ataupun aeroponik sahaja. Sebenarnya dalam penerapan teknologi dalam pertanian, mesin dan jentera akan terlibat kerana mereka telah ditugaskan untuk mengumpulkan hasil pertanian yang telah matang. Dalam proses pengumpulan jentera akan mengeluarkan asap dan ini telah menyebabkan pencemaran udara.
2) Selain itu, pengubahsuaian genetik makanan tersebut memang dapat mendatangkan banyak manfaat kepada negara kita dan juga pengeluar(petani) tetapi bagi kita sebagai pengguna kita tidak akan tahu keburukannya. Hal ini demikain kerana sebagaimana sehingga kini, tiada sesiapa yang tahu keburukan atau kesan makanan yang genetiknya diubah. Dengan itu tiada jaminan bahawa pada masa akan datang makanan yang dimakan oleh kita akan menyebabkan atau mendatngakan pelbagai jenis masalah.